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使用木瓜蛋白酶有效降解蛋白質底物,同時最大限度地減少細胞損傷。這種蛋白酶具有廣泛的特異性,但偏愛。天然結晶木瓜蛋白酶在被溫和的還原劑(例如、硫化物或亞硫酸鹽)作用之前是無反應性的,因此可能以酶原的形式存在。與其他相比,這種酶有助于蛋白質底物的更廣泛降解,例如軟骨中的細胞間基質蛋白。它通常比其他用于組織解離應用的蛋白酶(Huettner & Baugham;Lam) 的 Lam)。木瓜蛋白酶也用于神經組織的消化
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